Dalam waktu yang hampir bersamaan dengan dibukanya STT (Sekolah Tinggi Teknik) Bandung di Yogyakarta, dibentuklah suatu Perguruan Tinggi Swasta yang disebut Balai Perguruan Tinggi (BPT) Swasta Gadjah Mada. Sebagai suatu BPT Swasta secara resmi baru berjalan pada bulan Maret 1946 menempati Sitihinggil dan Pagelaran sebagai tempat kegiatan. Penggunaan kedua tempat tersebut diatas adalah berkat bantuan dan ijin Sri Paduka Sultan Hamengku Buwono IX. Namun pada tanggal 19 Desember 1948 yaitu pada waktu tentara Belanda menyerbu ibukota Republik Indonesia di Yogyakarta, baik STT maupun BPT Swasta Gadjah Mada terpaksa ditutup. Tepat setahun setelah ditutup yaitu pada tanggal 19 Desember 1949 STT mulai dibuka kembali dengan status yang telah berubah yaitu sebagai salah satu fakultas di Universitas Gadjah Mada Yogyakarta.
Universitas Gadjah Mada merupakan gabungan dari BPT dan STT yang ditetapkan tanggal berdirinya ialah tanggal 19 Desember 1949. Pada waktu itu ibu kota RI dipindah ke Jakarta menyebabkan Fakultas Teknik kekurangan tenaga pengajar sehingga hanya ada dua bagian yang dapat bekerja yaitu Bagian Sipil dan Kimia, sedangkan Bagian Mesin dan Listrik yang tadinya ada terpaksa ditutup. Bantuan dari luar negeri pada tahun 1955–1966 sangat membantu perkembangan Fakultas Teknik, hal ini terutama diperoleh dari University of California Los Angeles (UCLA) yang dimulai sejak tahun 1957. Atas bantuan UCLA berupa tenaga asisten, buku-buku dan beasiswa bagi staf pengajar yang didatangkan dalam 4 gelombang sampai tahun 1964, maka Fakultas Teknik dapat membuka bagian lain termasuk Bagian Teknik Arsitektur (1962–sekarang).
Untuk menunjang kegiatan belajar-mengajar, sejak tahun 1970-an bagian Arsitektur memiliki dua wadah kegiatan yaitu Design Center dan Research Center. Kegiatan-kegiatan di dalam wadah ini memiliki sifat-sifat kebersamaan dalam arti menuntut kerjasama antar bidang ilmu, agar diperoleh hasil yang diinginkan, sehingga kegiatan-kegiatan tersebut sudah dilakukan dalam bentuk tim/kelompok. Hal ini mendorong keinginan anggota dan calon anggota kedua wadah untuk studi lanjut di berbagai bidang ilmu terkait agar dapat saling melengkapi.
Kegiatan pembelajaran dilakukan dalam program studi, yang pada saat didirikan hanya terdiri dari satu program studi yaitu Program Sarjana (S1) Arsitektur, maka tahun 2012 ini memiliki 8 program studi yang dibentuk sesuai dengan perkembangan potensi internal di jurusan dan tuntutan eksternal. Tujuh program studi lain tersebut adalah S2 Arsitektur (1991), Magister Perencanaan Kota dan Daerah (1994), S2 Desain Kawasan Binaan (1997), S3 Arsitektur (1999), S2 Magister Arsitektur Pariwisata (2002), dan S1 Perencanaan Wilayah dan Kota (2003). Sebagai catatan, program S1 Arsitektur Swadaya (1993) telah ditutup pada tahun 2011 sesuai kebijakan universitas.